L'Association a mis en place des groupes de travail, d'autres peuvent être créés, autant que de besoin, sur des questions qui peuvent peser sur la relation actuelle entre la France et l'Algérie, bien sûr vos suggestions sont attendues. Ils sont animés par un membre du Bureau ou du Conseil d'Administration qui peut s'entourer de toutes les personnes compétentes de son choix. La durée de vie du groupe de travail peut être limitée dans le temps. Le principe du fonctionnement est qu'après avoir examiné une question et décelé les dysfonctionnements et les améliorations possibles, l'Association France Algérie adopte ensuite une position qu'elle rend publique.

L'acces est limité aux membres de l'Association France Algérie.